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De la séquence à la masse du peptide
Collez une séquence en code à une lettre : l’outil calcule les deux masses utiles en analyse (moyenne et monoisotopique), la formule brute, les rapports m/z des ions multichargés, la charge nette, le pI estimé et la composition. Pour la recherche et l’analyse, rien d’autre.
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L’outil : Masse moléculaire d’un peptide
Exemple de démonstration chargé : modifie les valeurs, le résultat se met à jour tout de suite.
Exemple chiffré
Exemple : l’angiotensine II, octapeptide de référence, séquence DRVYIHPF.
| Étape | Calcul | Résultat |
|---|---|---|
| Somme des résidus (monoisotopique) | D + R + V + Y + I + H + P + F | 1 027,5240 Da |
| + une molécule d’eau | + 18,0106 | 1 045,5345 Da |
| Ion [M+H]⁺ | 1 045,5345 + 1,00728 | 1 046,5418 |
| Masse moyenne | somme des masses moyennes + 18,015 | ≈ 1 046,19 g/mol |
Méthode, hypothèses et limites
- Masses : somme des masses de résidus (acide aminé moins H₂O) + une molécule d’eau pour les extrémités libres ; table de masses moyennes et monoisotopiques des 20 acides aminés standards. Acétylation N-terminale : +42,0106 Da ; amidation C-terminale : −0,9840 Da ; chaque pont disulfure : −2,0157 Da.
- m/z : (M + z × 1,00728) ÷ z pour les ions positifs. Les adduits (sodium, potassium) et les états oxydés ne sont pas calculés.
- Charge nette et pI : modèle simple de Henderson-Hasselbalch avec des pKa génériques (N-ter 8,6 ; C-ter 3,6 ; K 10,8 ; R 12,5 ; H 6,5 ; D 3,9 ; E 4,1 ; C 8,5 ; Y 10,1). Estimation ±0,5 unité, sans effet de voisinage ni de structure.
- ε à 280 nm : 5 500 par tryptophane, 1 490 par tyrosine et 125 par pont disulfure (Pace et al., 1995). C’est une estimation de la protéine repliée dans l’eau.
- Limites : acides aminés non standards, D-acides aminés (même masse), cyclisations, modifications et sels ne sont pas pris en compte. La masse affichée n’est pas la masse pesée d’un lot, qui contient aussi des contre-ions et de l’eau.
À lire : masse monoisotopique ou moyenne, adduits et états de charge, lire une LC–MS.
Questions fréquentes
Quelle masse utiliser : moyenne ou monoisotopique ?
La masse moyenne convient à la pesée et aux calculs de molarité ; la masse monoisotopique à la spectrométrie de masse haute résolution, où l’on voit le pic de l’isotope le plus léger.
Pourquoi mes m/z ne correspondent-ils pas à ceux de mon spectre ?
Parce que le spectre contient souvent des adduits (Na⁺, K⁺), des états de charge différents ou des isotopes. Compare d’abord [M+H]⁺ et [M+2H]²⁺.
Le pI est-il exact ?
C’est une estimation à partir de pKa moyens. Une mesure expérimentale ou un logiciel plus fin peut différer d’une demi-unité.
Cet outil donne-t-il des conseils d’utilisation ?
Non : c’est un calculateur d’analyse chimique générique, sans lien avec un usage chez l’humain.
Pour aller plus loin
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Autres outils
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Confidentialité : tout se passe dans ton navigateur. Les valeurs saisies ne sont ni envoyées, ni enregistrées, ni associées à un compte ; recharger la page les efface. Ces outils sont des aides de calcul et d’organisation pour le laboratoire in vitro : ils ne fournissent ni protocole d’usage, ni dose, ni conseil médical.